Neki znanstvenici tvrde da je uzrok Muslimansko-hrvatskog rata strateške naravi i različitih gledištima na budući ustroj BiH. Tadašnje muslimansko vojno i političko vodstvo imalo je pet zacrtanih strateških ciljeva prema analizi dostupne dokumentacije i struke.
Riječ je o apsolutnom vojnom i političkom nadzoru nad zemljopisnim središtem države i nad glavnim gradom Sarajevom, osiguranju prometnih pravaca dolinom Neretve prema Jadranskom moru, izlaza na rijeku Savu i horizontalne komunikacije između Sarajeva i Bihaća, piše Bild.ba.
Tri od pet strateških ciljeva A RBiH izravno su vezani za prostor središnje Bosne, a jedan za prostor sjeverne Hercegovine. Upravo je na tom području vođena većina vojnih operacija tijekom bošnjačko-hrvatskog sukoba te je počinjen najveći broj zločina, a istraživanju i sankcioniranju tih zločina ne pristupa se na isti način ni danas.
Politička i vojna nesnošljivost između Muslimana i Hrvata zbog različitih gledišta na budući unutarnji ustroj BiH, odnosno oružani sukobi niskog intenziteta između Armije RBiH i HVO-a, pretvorili su se u krvavi rat u vrijeme trajanja mirovnih pregovora pod Vance – Owenovim vodstvom.
Nakon pada Jajca postrojbe A RBiH iz tog područja su također završile na području središnje Bosne, kao i veliki broj civila protjeranih iz područja banjolučke regije te unatoč tome što je središnja Bosna bila u potpunom okruženju A RBiH, već krajem devedesetih u javnost je plasirana teza o navodnoj agresiji Republike Hrvatske.
Smatra se da je povod sukoba u Vance-Owenovom planu. Naime, povijesne činjenice pokazuju je bošnjačko političko vodstvo samo dijelom prihvatilo Cutilierov plan, koji je predviđao plan federalizacije ove države i njezino međunarodno priznanje, kao i Vance – Owenov plan koji je vrh A RBiH odbio i pokrenuo vojnu opciju napada na Hrvate u središnjoj Bosni.
Razlozi su to što je središnja Bosna bila zanimljiva zaraćenim stranama i zbog niza tvornica namjenske proizvodnje nekadašnje JNA koje su bile od strateškog značaja za opstanak A RBiH.
Također, prema činjenicama niti jedan od komandanta A RBiH nije predlagao napade prema Vojsci Republike Srpske (VRS) jer su im ciljevi bili hrvatske enklave u središnjoj Bosni i komunikacijski pravac dolinom Neretve prema Mostaru i Jadranskom moru.
Naime, tako bi A RBiH stavila pod kontrolu vojno-industrijske komplekse, a etničkim čišćenjem tamošnjih Hrvata cijela jedna provincija po Vance-Owenovom planu pripala bi Muslimanima, pa bi njihov teritorij bio nacionalno veći i strateški kompaktniji.
Na teritoriju pod nadzorom A RBiH protjerano je 152.950 Hrvata, ubijeno je ukupno 1695 hrvatskih civila i vojnika, odnosno 1051 civil (121 dijete) i 644 zarobljenih vojnika HVO, prema povijesnoj dokumentaciji.
